Software WGDI (3): red colineal de dos especies diferentes

Mi último blog presentó el software WGDI para dibujar un 'diagrama de puntos' de una sola especie y participé en el software WGDI (2): Especie única * * * Mapa de bits lineal - Gráfico de puntos. A continuación, les mostraré diagramas de puntos de dos especies diferentes. Elegí los genomas de Tripterygium wilfordii y Grapevine. La identificación de Tripterygium wilfordii y el citocromo P450 involucrado en la biosíntesis de triptolida se produjo después de que Tripterygium wilfordii se diferenciara de las uvas.

Primero prepare el genoma y los archivos gff3 de Tripterygium wilfordii y uva, y procese seis archivos: Vvin.len, Twi.len, Vvin.gff, Twi.gff, Twi.pep.fa y Vvin. pep.fa (Consulte el blog anterior para conocer los métodos de procesamiento).

A continuación, prepara el archivo comparativo de proteína de uva y tripterygium wilfordii Twi. Vvin.blastp

(1) La Figura 1 es un diagrama de puntos dibujado por WGDI y la Figura 2 es un diagrama de puntos dibujado por el software de cuota. Ambos programas hacen dibujos basados ​​en los resultados de blastp.

(2) A través de la comparación, se puede encontrar que los resultados mostrados por el software de cuotas se pueden encontrar básicamente en WGDI y se pueden dar conclusiones consistentes con el artículo (ha sucedido tres veces recientemente), y WGDI puede mostrar más Mucha información.

Existen muchos programas para dibujar diagramas de puntos. He usado mummer, JCVI y cuota, cada software tiene sus propias características. En general, WGDI es el software más fácil de usar. Puede filtrar y dibujar archivos de entrada simplemente modificando el archivo de configuración y puede ajustar fácilmente el tamaño de la imagen.