El natto se originó en China (es decir, la "pasta de frijoles" hecha por la gente común). Natto es similar a los frijoles fermentados chinos y a los frijoles de sabores extraños. Los libros antiguos registran: "El natto ha existido en mi país desde las dinastías Qin y Han". El natto se originó en el tempeh chino. Según el libro "Food Culture and Fresh Markets" (The Way of Shige, página 101), ambos tipos de natto están relacionados con China. En particular, el natto salado fue introducido en Japón por los monjes zen durante los períodos Nara y Heian. Japón alguna vez llamó al natto "frijoles negros", y las tiras de madera desenterradas en Pingcheng Well también tienen la palabra "frijoles negros". Es lo mismo que el tempeh que comen los chinos modernos. El tempeh se elabora en los templos y se almacena en frascos o barriles, por eso los japoneses lo llaman "donatto" o "natto salado". En Japón se utiliza como alimento y condimento nutritivo, mientras que en China se fríe o se cuece al vapor en una sartén. Condimentos.
Después de que el natto se introdujo en Japón, se desarrolló de acuerdo con las condiciones locales en Japón. Por ejemplo, Japón usa salsa de soja en lugar de tempeh, o salsa de soja en lugar de tempeh. Y a medida que los monjes zen se extendieron desde China a los templos japoneses, el natto se desarrolló por primera vez en los templos. Por ejemplo, el natto del templo de Dalong, el natto del templo de Dade, el Ikkyu Natto, el Binming Natto del templo de Dafu y el Baqiao Natto del templo de Wuzhen se han convertido en especialidades famosas de los templos locales.
A los japoneses les gusta comer natto. Comen principalmente natto salado y natto cepillado. A la gente de Kansai le gusta el primero y a la gente de Kanto le gusta el segundo. Debido a los diferentes métodos de fermentación, el natto cepillado produce una especie de seda pegajosa que no contiene sal.