La pectinasa puede mejorar el rendimiento y la claridad del jugo.

La pectinasa afloja los tejidos vegetales y daña las células. La pectinasa se añade durante el procesamiento de jugos de frutas y verduras para actuar sobre los enlaces glicosídicos entre los residuos del ácido D-galacturónico en la pectina. Al destruir las moléculas de pectina, el tejido de la pulpa se ablanda, se mejora la filtrabilidad, se acelera la velocidad de filtración del jugo y se aumenta la tasa de rendimiento del jugo. Además, las células se dañan y la salida de materiales intracelulares también aumenta la tasa de producción de jugo.

La razón principal de la turbidez del jugo de fruta es que el jugo de fruta contiene una gran cantidad de pectina y la pectinasa puede catalizar la hidrólisis de la pectina en ácido galacturónico.