Visualización de múltiples resultados de secuenciación de Sanger y múltiples resultados de comparación de secuencias
Antes de que te des cuenta, el feriado del Primero de Mayo está llegando a su fin. De hecho, cada vez que me tomo vacaciones, siempre tengo algo que quiero hacer, como completar algunas tareas de análisis. O escribe una hermosa herramienta. Lo que tiene de especial esta temporada navideña es que parece que estoy dispuesto a dedicar tiempo a las personas con las que debería pasar más tiempo. Por supuesto, este fue uno de los primeros objetivos de TBtools.
Aunque seguía hablando de compañerismo, me quedaba en casa la mayor parte del tiempo, veía algunas películas, comía tofu fermentado, mucha fruta, mucha carne…. . En resumen, todavía tengo tiempo para realizar un trabajo de análisis de datos. Pero, después de todo, son vacaciones, así que también podría hacer algo según mi hábito. Entonces, después de pasar la mayor parte del día en TBtools, agregué dos funciones.
Las personas que realizan experimentos moleculares pueden comprender el significado de esta función. Hace diez años (... primer año... de hecho soy un poco mayor), fui admitido en el grupo de investigación del profesor He Yehua (también mi tutor de maestría) en la Universidad Agrícola del Sur de China. El primer experimento molecular al que estuve expuesto fue la clonación de genes. Pero la clonación requiere secuenciación. Para cada clon, la empresa suele devolver dos archivos:
Normalmente, cuando clonamos y enviamos el plásmido a la empresa para la secuenciación Sanger, siempre enviamos varias muestras del mismo clon a la empresa. Por un lado, durante el proceso de secuenciación de Sanger, algunas bases serán inexactas y el envío de algunas muestras más se puede verificar mutuamente. Por otro lado, debemos considerar la posibilidad de que haya SNP...
Usar esta función es relativamente sencillo, simplemente ábrela primero
Arrastra y suelta el archivo .ab1 directamente, o utiliza los botones para seleccionar y arrastrar (aquí tienes dos archivos como ejemplo) )
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Emm... sí, no le apliqué comparaciones de secuencias múltiples... me pareció engorroso.
Entonces, en este punto, es hora de mantener presionada la tecla Ctrl en tu teclado y arrastrar el SubPanel con el mouse para que funcione.
Hace mucho tiempo, empaqueté Muscle en TBtools, eso simplemente está sucediendo. No me di cuenta de que en los siguientes usos todavía lo estaba usando. En general, la experiencia fue normal. La razón principal es que sin visualizar los resultados, incluso si se hace una comparación, en realidad no es fácil observar los datos.
Por lo tanto, agregué una función para mostrar automáticamente los resultados de comparaciones de secuencias múltiples.
Lo primero es abrir este Wrapper.
Las herramientas de escritura son cosa del pasado después de todo. dormir.
El grupo cuenta con una formación introductoria interna sobre cartas de estudiantes cada vacaciones de verano, principalmente para nuevos estudiantes en el laboratorio (y miembros de la dirección del laboratorio húmedo). Constantemente recibimos ideas de otros grupos a quienes les gustaría aprender más sobre el análisis de datos bioinformáticos de nuestro grupo. Por lo tanto, después de la propuesta del director y la discusión grupal, planeamos agregar 10 lugares de capacitación básica en el verano (julio-agosto) (el año anterior solo se brindó capacitación interna y no se brindó capacitación externa). Ver /.