La etapa de gestión de riesgos incluye principalmente la determinación de niveles de riesgo aceptables, el diseño y evaluación de medidas de gestión consistentes o adaptadas al mismo, y gradualmente se desarrolla hacia la aplicación de un enfoque sistemático, es decir, los conceptos y métodos de prevención integral y Medidas de control en las aplicaciones del sistema de gestión de riesgo de plagas. Para proteger áreas amenazadas o áreas ARP, se deben tomar medidas de gestión de riesgos que correspondan al nivel de riesgo evaluado en la evaluación de riesgos y se deben hacer esfuerzos para reducir el riesgo a un nivel aceptable. Las medidas de gestión alternativas incluyen la inclusión de cuarentena previa a la exportación y certificados de cuarentena en listas limitadas de plagas que especifican claramente los requisitos que deben cumplirse antes de la exportación, el aislamiento y la cuarentena, como la detención, restricciones en el momento o lugar de entrada de mercancías, en el puerto de entrada, estación de cuarentena o procesamiento local, prohibiendo el ingreso de ciertas mercancías de orígenes específicos, etc. Finalmente, evaluar la eficiencia y el papel de las alternativas en la reducción de riesgos, evaluar la efectividad de cada factor, los beneficios de la implementación, el impacto en las leyes y regulaciones existentes, las políticas de cuarentena, los negocios, la sociedad y el medio ambiente, etc. Al mismo tiempo, se decidió implementar medidas de aislamiento.
Finalmente, la norma enfatiza que no es razonable tomar ciertas medidas de cuarentena inmediatamente después de las evaluaciones de la primera y segunda fase, sin evaluar adecuadamente estas medidas.
La gestión del riesgo de plagas da como resultado la selección de una o más medidas para reducir los riesgos de plagas asociados a niveles aceptables. Las regulaciones fitosanitarias o los requisitos de cuarentena deben basarse en estos planes de manejo. La implementación y el mantenimiento de estas regulaciones son obligatorios hasta cierto punto, incluso para las Partes de la CIPF o los miembros de la OMC. Todas las plagas identificadas tras el análisis de riesgos deben incluirse en la lista de plagas restringidas. Esta lista se proporcionará a la Secretaría de la CIPF, a la ORPF (si es un Estado miembro) y a otras organizaciones pertinentes. Si se van a tomar medidas fitosanitarias, la justificación de los requisitos de cuarentena debe proporcionarse a solicitud del socio contractual, y el informe de análisis de riesgos debe publicarse y notificarse a otros países según sea necesario. Los miembros de la OMC deben seguir los pasos pertinentes de la notificación formal.