Trama del juego The Legend of Zelda-Majora's Mask

Majora's Mask comienza después de Ocarina of Time, con Link montando su caballo, Abona, a través del Bosque Perdido. El Chico Calavera Enmascarado y sus amigos duendes, Tate y Tal, le robaron Abona y la Ocarina del Tiempo a Link y corrieron hacia una cueva oscura. Link los sigue y Skull Boy lo transforma en un enano Deku. Skull Boy y Ter dejan a Tata y huyen. Furiosa por haber sido traicionada por su hermano y Skull Boy, Daduo acepta ayudar a Link a convertirse en su prototipo.

Link siguió al chico calavera a través de la cueva hasta la Ciudad Reloj de Taminia. Allí conoció a un alegre comerciante de máscaras. El comerciante le dice a Link que puede ayudar si Link puede recuperar la Ocarina del Tiempo y la Máscara de Majora de manos de Skull Boy. Link y Dado abandonan la Torre dell'Orologio, ubicada en el centro de Ciudad Reloj, para prepararse para el Carnaval del Tiempo. Link se entera de que la luna caerá sobre Tanimia en tres días. El tercer día, a medianoche, se encontró con Skeleton Boy y Goblin Tyr en lo alto del campanario. Link no puede recuperar la máscara, pero consigue la Ocarina del Tiempo y toca la "Canción del Tiempo", que lleva a Link a cuando llegó por primera vez a Tamia.

El Mercader de Máscaras Feliz le enseñó a Link la Canción de Curación, volviendo a Link a su forma humana, dejando atrás una Máscara Deku. Más tarde, el Vendedor de Máscaras le dice a Link que la Máscara de Majora concederá los deseos del usuario, pero a costa de poseer el cuerpo del usuario con una fuerza maligna y destructiva. Temiendo la catástrofe que traería, los antepasados ​​mantuvieron la máscara "sellada para siempre en un lugar oculto" para evitar su uso indebido. La raza que selló la Máscara ha desaparecido, y el origen y esencia de Majora's Mask se han perdido. Skull Boy, poseído por Majora's Mask, es responsable de la amenaza de que la luna se convierta en Tanimia.

Linkde viaja entre Falling Timber Swamp, Snow Mountain, Great Bay Area y Ikana Canyon. Debe ingresar a los templos de estas cuatro regiones y, al derrotar a los líderes que viven allí, obtiene el poder de convocar a los cuatro gigantes para salvar a Tamina. Una vez que los cuatro jefes son derrotados, Link convoca a gigantes para contrarrestar la caída de la luna hacia Tamina. La máscara de Majora se eleva desde Skull Boy hacia la luna. Con la ayuda de Dado, Link persigue la luna y derrota a Majora's Mask. Los cuatro gigantes volvieron a dormir y Tito se reunió con Ter y el Chico Calavera, liberados de la Máscara de Majora. El feliz comerciante de máscaras tomó la máscara de Majora, la examinó y dijo que el poder maligno que contenía había sido purificado. Justo cuando comienza el carnaval, Link se marcha montado en Abner. El juego utiliza un tronco de árbol grabado con Link, Duoduo, Teji, Skull Boy y los Cuatro Gigantes como fondo para mostrar la lista de producción detrás de escena. Mientras se muestra la pantalla, se reproduce brevemente un clip de "Song of Saria" de fondo.