Mi fruta favorita es la manzana.

Esto está mal, las frutas son incontables.

Las manzanas son mi fruta favorita.

Siento que esto es lo mejor y se ajusta al orden de las palabras en inglés.

Mi fruta favorita es la manzana

Está bien, pero se siente demasiado china.

La manzana es mi fruta favorita. Debido a que se refiere a un tipo de fruta en general, se puede utilizar en singular.

Ambas manzanas son mis frutas favoritas. Mi fruta favorita es la manzana. Ningún problema.

No es necesario utilizar la forma plural, porque no estás enfatizando la cantidad, sino el tipo, por lo que puedes utilizar la forma singular.