Las concentraciones comunes para la electroforesis en gel de agarosa son
La electroforesis en gel de agarosa es un método común para separar e identificar mezclas de moléculas de ADN y ARN. Este método de electroforesis utiliza gel de agar como soporte y utiliza el efecto de carga y el efecto de tamiz molecular de las moléculas de ADN durante la natación para lograr el propósito de separar mezclas.
Las moléculas de ADN están cargadas negativamente en soluciones por encima de su punto isoeléctrico y se mueven hacia el ánodo en un campo eléctrico. Bajo una determinada intensidad de campo eléctrico, la velocidad de migración de las moléculas de ADN depende del efecto de tamiz molecular, es decir, el tamaño y la configuración de la propia molécula son los principales factores que influyen. La velocidad de migración de las moléculas de ADN es inversamente proporcional a su peso molecular relativo.
Las moléculas de ADN con diferentes configuraciones migran a diferentes velocidades. Por ejemplo, una muestra de molécula de ADN circular tiene tres configuraciones moleculares: molécula superenrollada de círculo cerrado (cccDNA), molécula de círculo abierto (ocDNA) y molécula de ADN lineal (IDNA). El orden de velocidad de migración de estas tres moléculas con diferentes configuraciones durante la electroforesis es CCCNA > IDNA > OCDNA.
Las moléculas de ácido nucleico son moléculas de disociación anfipática. El pH 3,5 es la disociación del grupo amino en la base. Sólo uno de los tres grupos fosfato se disocia, por lo que la molécula queda cargada positivamente y nada hacia el electrodo negativo. en el campo eléctrico. Entonces qué. A un pH de 8,0 a 8,3, las bases son casi inseparables y los grupos fosfato están libres, por lo que las moléculas de ácido nucleico están cargadas negativamente y nadan hacia el electrodo positivo en el campo eléctrico.
La densidad de carga de diferentes moléculas de ácido nucleico es casi la misma, por lo que tiene poco efecto sobre la velocidad de nado. Cuando es neutro o alcalino, la movilidad del ADN monocatenario es casi la misma que la del ADN bicatenario de la misma longitud.